• HW_ALIGN : constants.h
• MOVE_DIAG : alignment.h
• MOVE_LEFT : alignment.h
• MOVE_STOP : alignment.h
• MOVE_UP : alignment.h
• NO_SCORE : constants.h
• NW_ALIGN : constants.h
• OV_ALIGN : constants.h
• SCORE_MIN : constants.h
• SW_ALIGN : constants.h
• SW_OUT_DB_BLASTM0 : post_proc.h
• SW_OUT_DB_BLASTM8 : post_proc.h
• SW_OUT_DB_BLASTM9 : post_proc.h
• SW_OUT_DB_LIGHT : post_proc.h
• SW_OUT_DUMP : post_proc.h
• SW_OUT_PAIR : post_proc.h
• SW_OUT_PLOT : post_proc.h
• SW_OUT_STAT : post_proc.h
• SW_OUT_STAT_PAIR : post_proc.h