Here is a list of all documented functions, variables, defines, enums, and typedefs with links to the documentation:

- a -

• alignBest() : align.h
• alignDatabase() : database.h
• Alignment : alignment.h
• alignmentCopyPath() : alignment.h
• alignmentCreate() : alignment.h
• alignmentDelete() : alignment.h
• alignmentDeserialize() : alignment.h
• alignmentGetMove() : alignment.h
• alignmentGetPathLen() : alignment.h
• alignmentGetQuery() : alignment.h
• alignmentGetQueryEnd() : alignment.h
• alignmentGetQueryStart() : alignment.h
• alignmentGetScore() : alignment.h
• alignmentGetScorer() : alignment.h
• alignmentGetTarget() : alignment.h
• alignmentGetTargetEnd() : alignment.h
• alignmentGetTargetStart() : alignment.h
• alignmentSerialize() : alignment.h
• alignPair() : align.h
• alignPairCpu() : cpu_module.h
• alignScoredPair() : align.h
• alignScoredPairCpu() : cpu_module.h

- b -

• BLOSUM_45_TABLE : constants.h
• BLOSUM_50_TABLE : constants.h
• BLOSUM_62_TABLE : constants.h
• BLOSUM_80_TABLE : constants.h
• BLOSUM_90_TABLE : constants.h

- c -

• Chain : chain.h
• chainCopyCodes() : chain.h
• chainCreate() : chain.h
• chainCreateView() : chain.h
• ChainDatabase : database.h
• chainDatabaseCreate() : database.h
• chainDatabaseDelete() : database.h
• ChainDatabaseGpu : gpu_module.h
• chainDatabaseGpuCreate() : gpu_module.h
• chainDatabaseGpuDelete() : gpu_module.h
• chainDelete() : chain.h
• chainDeserialize() : chain.h
• chainGetChar() : chain.h
• chainGetCode() : chain.h
• chainGetLength() : chain.h
• chainGetName() : chain.h
• chainSerialize() : chain.h
• checkAlignment() : post_proc.h
• createChainComplement() : pre_proc.h
• cudaCheckCards() : cuda_utils.h
• cudaGetCards() : cuda_utils.h

- d -

• DbAlignment : db_alignment.h
• dbAlignmentCopyPath() : db_alignment.h
• dbAlignmentCreate() : db_alignment.h
• dbAlignmentDelete() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetMove() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetPathLen() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetQuery() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetQueryEnd() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetQueryIdx() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetQueryStart() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetScore() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetScorer() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetTarget() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetTargetEnd() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetTargetIdx() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetTargetStart() : db_alignment.h
• dbAlignmentGetValue() : db_alignment.h
• dbAlignmentToAlignment() : db_alignment.h
• deleteDatabase() : post_proc.h
• deleteFastaChains() : post_proc.h
• deleteShotgunDatabase() : post_proc.h
• dumpFastaChains() : post_proc.h

- e -

• EDNA_FULL_TABLE : constants.h

- h -

• HW_ALIGN : constants.h
• hwEndDataGpu() : gpu_module.h

- m -

• MOVE_DIAG : alignment.h
• MOVE_LEFT : alignment.h
• MOVE_STOP : alignment.h
• MOVE_UP : alignment.h
• Mutex : thread.h
• mutexCreate() : thread.h
• mutexDelete() : thread.h
• mutexLock() : thread.h
• mutexUnlock() : thread.h

- n -

• NO_SCORE : constants.h
• NW_ALIGN : constants.h
• nwFindScoreCpu() : cpu_module.h
• nwFindScoreGpu() : gpu_module.h
• nwLinearDataGpu() : gpu_module.h
• nwReconstruct() : reconstruct.h
• nwReconstructCpu() : cpu_module.h

- o -

• outputAlignment() : post_proc.h
• outputDatabase() : post_proc.h
• outputScore() : post_proc.h
• outputShotgunDatabase() : post_proc.h
• OV_ALIGN : constants.h
• ovEndDataGpu() : gpu_module.h
• ovFindScoreCpu() : cpu_module.h
• ovFindScoreGpu() : gpu_module.h

- p -

• PAM_250_TABLE : constants.h
• PAM_30_TABLE : constants.h
• PAM_70_TABLE : constants.h

- r -

• readAlignment() : post_proc.h
• readFastaChain() : pre_proc.h
• readFastaChains() : pre_proc.h

- s -

• SCORE_MIN : constants.h
• scoreDatabaseGpu() : gpu_module.h
• scoreDatabasesGpu() : gpu_module.h
• scorePair() : align.h
• scorePairCpu() : cpu_module.h
• Scorer : scorer.h
• scorerCreate() : scorer.h
• scorerCreateMatrix() : pre_proc.h
• scorerCreateScalar() : pre_proc.h
• scorerDecode() : scorer.h
• scorerDelete() : scorer.h
• scorerDeserialize() : scorer.h
• scorerEncode() : scorer.h
• scorerGetGapExtend() : scorer.h
• scorerGetGapOpen() : scorer.h
• scorerGetMaxCode() : scorer.h
• scorerGetMaxScore() : scorer.h
• scorerGetName() : scorer.h
• scorerIsScalar() : scorer.h
• scorerScore() : scorer.h
• scorerSerialize() : scorer.h
• Semaphore : thread.h
• semaphoreCreate() : thread.h
• semaphoreDelete() : thread.h
• semaphorePost() : thread.h
• semaphoreValue() : thread.h
• semaphoreWait() : thread.h
• shotgunDatabase() : database.h
• SW_ALIGN : constants.h
• SW_OUT_DB_BLASTM0 : post_proc.h
• SW_OUT_DB_BLASTM8 : post_proc.h
• SW_OUT_DB_BLASTM9 : post_proc.h
• SW_OUT_DB_LIGHT : post_proc.h
• SW_OUT_DUMP : post_proc.h
• SW_OUT_PAIR : post_proc.h
• SW_OUT_PLOT : post_proc.h
• SW_OUT_STAT : post_proc.h
• SW_OUT_STAT_PAIR : post_proc.h
• swEndDataGpu() : gpu_module.h

- t -

• Thread : thread.h
• threadCancel() : thread.h
• threadCreate() : thread.h
• threadCurrent() : thread.h
• threadJoin() : thread.h
• threadSleep() : thread.h

- v -

• ValueFunction : database.h